人类和深海栖舰的战争已经开始了10年。在此期间，为了夺回被夺走的制海权，无数的军人和舰娘们战斗过，流血过，然后死去……
在愈演愈烈的战争中，军队高层为拥有指挥舰娘的提督资格的人少之又少而煞费苦心。因此，他们设立了军队设施，从全国各地不分年龄、性别地招募合适的人，让他们接受作为指挥官的教育。
在某个内海的孤岛上静静地存在着“提督军校”，在那里有一群不到10岁的少年少女作为见习提督，为了即将到来的战斗而拼命地训练和学习。
舰娘，轻型航空母舰的龙骧号来到这样的地方，是为了作为在前线战斗的舰娘对他们进行教学。

“好宽敞啊!”

龙骧佩服地自言自语着，一边环顾四周一边慢慢地往前走。
在......