突然出现在世界的大海上的水生怪物。被命名为深海栖舰的怪物们，封锁了人类的海路。不接受任何军舰的炮击，反而反击的深海船只们。它们是用人类未曾尝试过的技术制造出来的，即使是被称为最低级的“伊级”“鲁级”“哈级”的个体，也拥有相当于人类上百艘军舰的强韧度和破坏性火力。而且以无穷无尽的数量出现在世界各地。
由于海路被封锁，远东的岛国日本陷入了特别严峻的状况，于是动员全国的力量，向出现在近海的一艘深海栖舰发起了挑战。然后，经过数天的攻防战，终于成功将其击破。虽说是最差劲的对手，但因为第一次的成功，日本沸腾了。这次攻击的目的是研究深海栖舰的身体组织，希望能获得一些对抗的线索——结果，这是一切的开始。
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